“文明的冲突”自提出以来便是一个富有争议的话题，多数的批评意见也都是围绕着冲突的根源、文明之间是否必然冲突等问题展开。有很大一部分学者指出，“大文化内部的认同冲突要远远多于大文化之间的认同冲突” ；强调伊斯兰世界具有被西方世界严重忽略的多样性，而像多数西方人认为的非铁板一块，批评亨廷顿等冲突派没有必要的常识 。也有学者认为，“冲突的真正原因是社会经济，而不是文明” 。
对于这些批评，笔者却不以为然。笔者曾经仔细地阅读过亨廷顿4本著作，对其最为深刻的印象是亨氏治学的严谨态度和比较全面的知识结构。笔者尚且知道大文明，特别是伊斯兰世界内部的多样性，更何况是亨氏这般大学者哉？而且他对伊斯兰世界的了解在《难以抉择——发展中国家的政治参与》一书中已经有所反映了。看来亨廷顿不强调文明内部特别是伊斯兰内部多样性的问题是有其考虑的。
而对于第二个质疑，亨廷顿在书中已经写到“不同文明国家和集团间冲突的根源哎很大程度上是那些总是产生集团之间冲突的东西：对人民、领土……的控制……” 。这说明，在亨廷顿看来，所谓的文明的冲突，文明集团的斗争并不是仅仅围绕着文明、文化、宗教的争端产生的——尽管他们有着巨大的意义。
所以就笔者的理解而言，《文明》一书对于其他文明“并无恶意攻击和贬低之词” ，对亨廷顿所谓的文明的冲突有一套自身的逻辑，而在笔者看来，这一逻辑似乎遵循着自冷战以降的集团斗争的逻辑，这一点恐怕亨氏自己也未必意识到了。所以亨氏强调的解释国际政治的新范式其实在笔者看来仅仅是冷战逻辑的延续，是旧瓶装新酒而已。
在冷战中我们可以看到，基本的逻辑是，美苏双方在意识形态（资本主义vs共产主义）的旗帜下形成两大国家集团，而两大国家集团之间相互对立冲突。但在历史告诉我们两大集团的冲突并非一定就是源于意识形态的不同，更多的时候也涉及到“人口”、“领土”等利益和权力问题——这也是国家关系理论中现实主义一派的主要解释。
当然，在文明冲突的逻辑中，亨氏似乎看到了伊斯兰与共产主义的相似性——“基督教、东正教、佛教和印度教的各国政府都没有基于宗教的国家组织，而穆斯林各国却有” 。伊斯兰在政治中的凝聚力、扩散性，恐怕让很多学者都自觉地将它与共产主义意识形态相比较。
这样文明冲突的一整套逻辑就清楚了。国家形成不同的文明集团，只不过在文明的冲突里，维系集团的纽带是文明，而不是意识形态。而各个文明集团之间围绕着文明、宗教产生的差异而斗争，但也并不仅仅为此而斗争。与冷战时期的国家集团一样，文明集团的斗争也要围绕着利益和权力而展开。其实明显地可以看到，在亨氏的书中，尽管极力强调文明差异对国际政治关系的重要性，但在他的逻辑中，文明最重要的作用只是将国家按照文明划分为不同的集团——基本的国际政治行为体，而文明的差异则仅仅是国家集团斗争冲突的一部分理由。所以包括王院长等人编辑的批判文明冲的书在内的一系列著作很多时候并没有找到这样的一个内在逻辑，而真正值得批判的则正好是这个逻辑。因为如果逻辑诚然如笔者所看到的，那么，实际上所谓的文明的冲突并不是什么国际关系的新范式，相反这个理论是非常不成熟的，亨廷顿在不知不觉之中套用了冷战冲突的逻辑模式。当然这也不能怪他，一来，大一时，敬爱的班主任就说过，亨氏曾亲口承认，他提出的这一理论首先是为了引发争论；二来，文明的命题太大太虚，要总结出个所以然来也实在为难了他了。
那么为什么亨氏不注重文明内部的多样性，特别是伊斯兰世界的巨大差异？这还是要从冷战逻辑中找答案。君不见二战之前东欧俄国差异甚巨，尤以波兰憎俄国佬入骨。一俟苏联成为苏东社会主义国家之首，东欧国家纷纷向苏联靠拢，匈牙利国庆日生生改成苏联解放匈牙利纪念日，连东欧各国军警的装束都向苏联学习，更不必说原本大大不同的政治社会体制了。再回到《文明》一书，读者不会不注意到亨廷顿对伊斯兰文明强调最甚者，正是“缺少核心国家是伊斯兰内部和外部普遍发生冲突的一个重要原因” 。核心国家也正是亨廷顿文明秩序的一大支柱。言下之意十分清楚，一旦伊斯兰世界有了强大如苏联般的核心国家，那么伊斯兰文明内部的整合将快速完成，尽管可能像苏东关系那般是强制性的。如此一来伊斯兰便成为可能取代苏联集团的可能的重要敌对势力，当然儒家集团也是嘛。
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