一、轮奸

更为残忍的是，日军施暴时，甚至连孕妇、产妇也不放过。12月21日，鼓楼医院的威尔逊医生在日记中记载了一名17岁的女孩在20日带着她腹中的婴儿来到鼓楼医院治疗。因为她前一天晚上7时30分被两个日本兵强奸了，9时开始剧烈腹痛，12时，她的头胎婴儿早产了。(36)
据江东乡茶亭村北圩二队的余朝贵回忆：“1938年初的一天，五六个日本兵来到我村，对我村姓许的妇女（刚生小孩几天）进行轮奸，使这位许大姐奄奄一息，后被邻居架着走动，才被救活。”(37)
残暴的轮奸导致许多妇女生理和心理均遭到极大伤害，许多妇女染上性病。马吉拍摄到一位在鼓楼医院进行治疗的18岁姑娘，她被两个日本兵轮奸后染上性病。马吉解释说：“全城像她这样的人有几千名。”(38)据威尔逊报告：“1月25日下午，大学医院收治了一名中国妇女。她和她的丈夫来到安全区，住在圣经师资培训学校附近的一个草棚里。12月13日，日本士兵抓走了她的丈夫，她被带到城南某处，并被关在那里。她每天被强奸7—10次之多，只是夜里才让她睡一会。她染上了3种性病：梅毒、淋病和软下疳，这几种病非常厉害。”(39)据1938年2月17日《南京救济形势》记载：“遭到强奸女性可能会感染性病，这是目前的一个严重问题。人们希望我们能够迅速扩展足够的诊所服务来治疗性病，并且希望能够得到免费治疗。”(40)
一些妇女由于遭到日军轮奸，身受重伤，有些人甚至当场死亡。苏仁发家有个童养媳，才十五六岁，被三四个日本兵拖到魏官家轮奸，造成下阴部红肿，流血不止，走路都困难。(41)1938年1月20日，31岁的陆倪氏在车儿巷被日本士兵轮奸整整一天，成了残疾人。(42)“民国二十六年十二月间，日军三名，在佛心桥二十号，将陈吴氏轮奸，致伤重而死。”“民国二十六年十二月十六日下午三时，北平路五十一号姜张氏，被日军四名轮奸，致伤重毙命。”(43)1945年12月，市民孙宝庆呈文称：“日寇中岛部队暴兵于民国二十六年冬月十七日，拥至民家将嫂孙陈氏（年三十一岁）轮奸，当夜身亡。”(44)
也有些妇女遭日军轮奸后精神失常或自杀。“城内所有妇女因不愿或不堪敌之蹂躏而自杀者，平均日必数百起。”(45)一名在寺庙的小和尚融通回忆其亲眼目击一位妇女被日军轮奸而导致精神失常、最后自杀的惨状：
沦陷后，南京无水无电，冬天黑得早，吃过晚饭后就睡觉，就在这一天将黑暗时，只听一阵皮鞋声，有两三个日本兵不知从何处拖来一个妇女，拖到小学生的课桌上轮奸起来，只听皮鞋进进出出，日本兵讲话也不懂，女人先是又哭又骂，后也不哭不骂了，我也糊里糊涂睡着了。第二天吃过早饭，我到前边大院子里去扫地，就在这时，一件我终身难忘的事进入我的眼中，烙在我的心上。只见一位披头散发的中年女人，约四五十岁，盘着腿一丝不挂，坐在对大门的青石板地面上，身旁什么都没有，手中拿了一个钥匙圈，上面有几把钥匙，嘴里清楚地在喊：“儿呀！你到哪里去啦？妈在这里等你，快点来呀！家里没有人呀！”一遍又一遍地重复着喊，天气在零度上下，光屁股坐在石头上不冷吗？怎么地上会有血？我看了害怕，就去喊韩伯伯，他是庙里管香火的，有七十岁了，他随我来一看，知道是被日本兵奸污疯了，于是老伯伯把她扶起来，送到房中，送水给她洗，找衣服给她穿，又去厨房弄来热粥小菜给她吃，问她住在哪里。她说，她住内桥湾，儿子两天没回家，她出来找儿子，让住在一中的中岛部队的日本兵一个排轮奸了一整夜。吃过早饭，我们绕道马巷把她送回家，并叫她在家等着，免得儿子回来进不去屋又要去找她，她答应了。其实，我们知道她儿子两天不回来，一定是遇害了。隔了两三个月，她平静多了。有一天韩伯伯去看她，听邻居讲，早半个月她就跳到内桥河里淹死了。(46)
日军轮奸南京妇女的暴行，使许多妇女身心受到极大摧残，她们有的致残，有的精神失常，有的因此而毙命。在日军大屠杀期间，这样的惨剧举不胜举。