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无腔动物包括的是与扁虫相似的小型水生生物，通常体长几毫米。最容易找到的一个物种是薄荷酱虫，这种虫外观十分漂亮，呈亮绿色，因为有一种水藻生长在它们的体内。它们生活在欧洲沿海的沙滩上，特别是法国罗斯科夫附近的海岸线上，在湿润的水坑里常能发现它们形成的绿泥状“油层”。如果你缓缓地靠近这层泥，它们就会习惯性地因被惊扰而消失；这是由成千上万的绿色蠕虫组成的一层活的泥，在受到惊扰时，它们只是爬到了沙子之中。这些蠕虫以及很多与它们相似的蠕虫，传统上都被分在扁形动物门中，与“真正”的扁虫、吸虫和绦虫并列。一直以来，都有一些不同声音呼吁人们关注它们在解剖结构上的独特特征，不过，按主流观点来说，薄荷酱虫及其同伴一直属于扁形动物门。直到基因序列对比结果清楚地表明它们与扁虫、吸虫、绦虫根本不是近亲，一个新的门才被提了出来。
异涡动物的情形与此相似。这些动物比无腔动物大很多，最早在挪威一个峡湾中发现的物种博氏异涡虫体长好几厘米，近年在太平洋发现的几个物种还要更大一些。它们也是扁平的蠕虫，看起来并不怎么特别，就是非常简单的黄棕色蠕虫，除了盲端的肠道，几乎没有可以辨别的器官。它们也曾经被很多动物学家认为是扁形动物，但有一些科学家认为它们和棘皮动物或半索动物关系更近。一个以最初的DNA序列分析为基础的看法认为，异涡虫是一种软体动物，但这个结论很快就被证明是一个不幸的错误，当时从异涡虫身体里提取的DNA来自它的最后一餐饭，而非它自己的细胞。后来足够的真正的异涡虫DNA被提取出来，进行了很多的基因序列分析，结果表明，这种动物并非扁形动物，也不是软体动物、棘皮动物或半索动物，而是与其他动物类别都有明显区别的生物。2006年，一个新的门被提出。