1796-1814：法国和拿破仑对意大利的主宰

自1795年起，拿破仑改写了意大利政治。作为法国的意大利军团总司令，拿破仑在意大利的战争中体现出自信、当机立断、快速机动、集中兵力，而且在可能时利用内线赢得胜利。法国在蒙多维（1796年）取得的大捷把萨伏伊——皮埃蒙特踢出了局，在洛迪（1796年）、巴萨诺（1796年）、阿尔科莱（1796年）与里活利（1797（惊心动魄的胜利碾压了奥地利人。意大利统治者们做出了回应。1796年，托斯卡纳大公费尔南多三世被迫承认了法兰西共和国。
但事实表明，保持胜利十分困难。法国对伦巴第的残酷剥削导致那里在1796年爆发了民众起义，随后遭到严厉镇压。拿破仑冷漠的报告表明民愤深重：“米兰暴动人群扯下并践踏法兰西三色旗……五六千名农民加入帕维亚暴民群体。”作为回应，法国进行了大屠杀，俘虏大批人质。
之后，拿破仑率领军队行至维也纳边界外112千米的地方，迫使奥地利接受了《莱奥本条约》（1797年）。奥地利同意把米兰割让给新成立的奇斯帕达纳共和国，后者是法国的卫星共和国。作为回报，奥地利将获得威内托，而威尼斯得到的补偿是博洛尼亚、费拉拉与罗马涅。这些领地是1797年早些时候法国从教皇手中夺得的。拿破仑对意大利北部大部分地区进行了改造，将其并入奇斯帕达纳共和国与利古里亚共和国。利古里亚共和国是在热那亚的基础上建立起来的。奇斯帕达纳共和国在雷吉奥宣告成立，国旗由绿、白、红三色组成。后来，这些颜色成了意大利国旗的颜色。奇斯帕达纳共和国在吞并了伦巴第后，成为奇萨尔皮尼共和国。这个假称的民主国家的原型为后来的共产主义国家所采用。1797年，共和国颁布宪法称，国家主权存在于全体成年男性手中。但是，投票受到了限制，而且两个议会的立法者与管理共和国的负责人都是由拿破仑任命的。
根据1797年晚些时候签订的根据《坎波福米奥和约》，奥地利同意法国获得意大利北部军事基地曼托瓦。奥地利则得到了威尼斯、威内托、达尔马提亚与伊斯特拉。威尼斯此前拒绝加入反奥地利联盟。条约将威尼斯共和国割让给奥地利的规定，残忍地打破了它长久以来的独立。法国雅各宾派，尤其是意大利雅各宾派，谴责这是对革命理念的背叛。但是，在大革命时期，情况大多如此。正如1798年2月教皇国被攫取的情况那样，在意大利，军事便利、对战利品的贪欲、战略性机会主义，以及大规模、肆无忌惮的盘剥行为，均使法国采取侵略性军事行动。1797年，教皇警察在一次暴乱中占领了法国公使在罗马的住所：暴民躲在那里。在随后的骚乱中，法国公使的副官莱昂纳尔·迪福将军遇害。但是，考虑到法国人此前意图挑起革命起义，他们的行为就一点儿也不光彩了。拿破仑掌握控制权后，立即宣布成立罗马共和国。教皇庇护六世遭放逐。
1798年，那不勒斯国王费迪南四世（1759—1825年在位）加入反法阵营中。他的妻子是法兰西皇后的妹妹。费迪南的军队曾将法国人赶出罗马，但不久后在12月遭到法军反扑，被迫退了回来。费迪南的军队乘坐霍雷肖·纳尔逊的旗舰撤出那不勒斯，逃往巴勒莫。那不勒斯面临着四方角力，它们是保皇党、前进的法军、意大利雅各宾派与贫民（赞成革命思想但不支持法军的穷人）。1月，意大利雅各宾派与贫民间爆发巷战。在法国人与意大利雅各宾派强制实行管控前，巷战导致逾4000人死亡。
在那不勒斯，法国建立了另一个卫星政权，即帕尔瑟诺佩共和国。但是，在那不勒斯与其他地方，这些新政府不得人心。它们还因与花钱如流水、爱管闲事的占领者法国搅在一起而受到拖累。在那不勒斯，新共和国引入了无神论的庆祝活动，奉行宗教自由，拒绝聘用曾效力于国王的人，但是它没能应对面包及柴火短缺的问题。位于大多数法国军队以北地区的活动也削弱了共和国。
因此，1799年1月，枢机主教法布里齐奥·迪奥尼吉·鲁福在西西里岛发起的保皇党起义，并未遇到多少抵抗。法布里齐奥组织神圣信仰军。2月8日，他们在卡拉布里亚登陆，向那不勒斯城进发。一支由整整32000人组成的俄国——土耳其远征军及40名战士攻克科孚岛后，抵达意大利亚得里亚海海岸。这支队伍在下阿普利亚地区登陆，然后向北行进，占领了塔兰托与福贾。之后，他们又向西拿下了阿里亚诺、阿韦利诺与诺拉。与此同时，英国与西西里联军威胁到那不勒斯。1799年4月15日，（西西里）那不勒斯保皇党常规军从英国船只上与英军一道登陆，占领了斯塔比亚海堡及其海军兵工厂。第二支英国与西西里联军在那不勒斯以南的萨勒诺登陆（这是1943年第二次世界大战时联军登陆地），向那不勒斯挺进。途中，他们攻克的城镇包括维耶特利、卡瓦、希特拉、帕加尼与诺切拉。尽管法军在应对来敌时表现良好，但后来在5月初，英国与西西里联军占领了伊斯基亚岛与普罗奇达岛，完成封锁。6月13日，那不勒斯也陷落了。意大利人不太关注这场有外国介入的解放运动，但它是可以与1943年英美联军的军事行动相提并论的。
贫民起义给那不勒斯的意大利雅各宾派带来打击，许多人惨遭谋杀。6月，随着100多人被处决，新秩序在那不勒斯确立。意大利评论者往往很关注这些处决活动，是因为它们可以让人据此谴责波旁王朝，而且被处决的都是改革者。人们并不太关注在较长一段时间内被法国人杀害的成千上万的意大利人。
以党派的方式看待过去的做法具有启发意义。在左派一方，人们认为，1943年的外国干预是有益的。原因是，尽管它是英美的资本主义干预，但它支持“积极”力量，即左派。相反，人们认为，1799年英国与俄国（而不是法国）的介入是反对“积极”力量的，因为在法国支持者与意大利复兴运动间被画了一条线。因此，外国干预也就与1943—1946年诸如行动党这样的左翼群体发生了联系。行动党自称是意大利雅各宾派思想的继承人，而意大利雅各宾派的思想“优势”因其反对那不勒斯的波旁王朝而被强调，正如加里波第将在1860年所做的那样。
1799年，那不勒斯君主制复辟。反法起义也在包括皮埃蒙特与托斯卡纳在内的其他地区爆发了。后来，1799年，联军将法国人赶出了意大利，其中包括由英国海军对热那亚实施的封锁。
但是，1800年，拿破仑卷土重来，在马伦哥会战中击败奥地利。1801年，法国与奥地利通过协商签订了《吕纳维尔和约》。皮埃蒙特与伦巴第处于法国的控制下，威尼斯与威内托则归奥地利所有。西班牙将路易斯安那转让给法国。作为补偿，帕尔马公爵得到了托斯卡纳。1801年，拿破仑吞并了厄尔巴岛；1802年，他又兼并了皮埃蒙特。
随着第三次反法战争的扩大，法军再次进入意大利。1805年，意大利南部地区战火再起。法军占领了那不勒斯王国部分地区。结果，1805年11月，一支英俄联军赶到，法军被迫撤退。人们制订了保卫那不勒斯王国的诸多计划，但鲜有民众支持，部分原因是俄军的勒索。此外，1805年发生在远处的事件对意大利局势产生重要影响。特拉法尔加海战意味着，在距离那不勒斯不远的地方奉命介入的法国与西班牙联军军舰失败了。但是，拿破仑在如今捷克共和国内的奥斯特里茨村，力挫奥地利与俄国军队，结果导致意大利南部地区的新秩序崩溃。俄国与英国先后撤兵，而国王费迪南未能平息拿破仑的怒火。在各个层面上，意大利人都不得不应付更加强大的外来势力。
相反，1806年，卡拉布里亚成了一场重大起义的战场。事实表明，各地农民对所有军队与大多数政府都充满敌意。但是，意大利保守主义最终在卡拉布里亚被法军压制下去了。他们还残忍地强制推行新秩序，包括调遣一支48000人的军队，以及使用突击卫队作为惩罚手段。针对法国对“武装平民”展现出的“显著严酷”，英国观察家发表了评论。“武装平民”因“极度缺乏枪支弹药”遭受重创。
1806年，英国对卡拉布里亚的军事干预时间太短，因而未能真正让法国的脚步变慢。但是，国王费迪南此前已在西西里岛避难，并处于英国舰队与守军的保护下。英军指挥官威廉·本廷克勋爵将英国立宪政体引入西西里。相似地，皮埃蒙特的维托里奥·埃马努埃莱一世（1802—1821年在位）逃难到了撒丁岛。
法国不再建立共和国了。1806年，拿破仑把那不勒斯托付给自己的哥哥约瑟夫；1808年，当约瑟夫成为西班牙国王时，拿破仑又把那不勒斯送给了自己最小的妹妹卡罗丽娜。与卡罗丽娜共同统治那不勒斯的是她的丈夫约阿希姆·穆拉特。穆拉特还是拿破仑的元帅与骑兵指挥官。1805年，在拿破仑当时还活着的妹妹中，年龄最大的埃莉萨成了卢卡公主；1809年，她又获封为托斯卡纳女大公。拿破仑的另一个妹妹波莉娜成了瓜斯塔拉公爵夫人。拿破仑任命波莉娜的丈夫卡米洛·博尔盖赛王子为意大利北部法国诸省总督。
拿破仑主宰一切的意愿在意大利展现得淋漓尽致。1802年，他在那里自封为意大利共和国（这是对奇萨尔皮尼共和国的重新命名）总统。1805年，他自立为意大利国王，还任命继子欧仁为总督。同年，拿破仑在米兰大教堂用伦巴第铁王冠为自己举行了加冕仪式。1806年，法国打败奥地利后，将威尼斯与威内托并入王国版图；1808年，教皇区紧随其后；1810年，特伦蒂诺也加入了进来。拿破仑提到了意大利王国的意大利民族精神，但却把意大利的大部分地区并入法国，其中包括1801年兼并的要塞，1802年吞并的皮埃蒙特，以及1805年时夺下的热那亚、帕尔马。利古里亚共和国在君主制的法属意大利显得很多余。1809年，伊特鲁里亚（托斯卡纳）被吞并。1806年，伊斯特拉、达尔马提亚、的里雅斯特与阜姆港被让渡给意大利王国。当时，就像伊利里亚行省一样，它们在1809年成了法国的一部分。
1810年，法国兼并教皇国。1811年，拿破仑之子出生。他被封为罗马王，成了帝国王位的继承人。教皇庇护七世（1800—1823年在位）被捕后让人遣送到了法国，而且，许多拒绝宣誓效忠的神职人员也遭到逮捕。对传统天主教的攻击包括关闭、毁坏修道院，禁止许多事实上作为世俗主义组成部分的宗教节日与游行活动。在贯彻这种新秩序时，警察派上了用场。但是，由于这些政策，合作的基础遭到破坏，民众陷入恐慌。
拿破仑最后一次前往意大利是在1807年。他加紧了对意大利的文化掠夺，而这场文化掠夺始于法国大革命。许多画作与雕塑为法国攫取，尤其是在意大利北部地区，包括威尼斯在内，还有罗马。其中一些艺术品仍可见于许多法国博物馆之中。此外，意大利还要为法军提供大量男丁。他们中的许多人在1812年入侵俄国时死于非命。
然而，随着战事吃紧，拿破仑并不愿在1813—1814年与奥地利谈判议和，因为他不愿将交出意大利王国的统治权作为签署和约的部分代价，他不愿因此只能控制法国。1814年，战败的拿破仑被流放到厄尔巴岛，该地在他统治时成了公国。1815年，拿破仑重返法国意图夺权，穆拉特前往驰援。两人均遭遇惨败。
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