总括地说，日本土著原始神道的特征有二。一是对树神、山神、石神等自然神的崇拜。二，是对生殖器的崇拜。

      总括地说，日本土著原始神道的特征有二。一是对树神、山神、石神等自然神的崇拜。从奈良县三轮町大神神社一带发现的最古的绳纹时代著名祭祀遗迹来看，举行祭祀的祭坛十分简陋。最早是在祭坛周围树立几株原木木柱即神篱，或周围用岩石围上，悬上草绳作为磐境，以标示出神域来，比如现在奈良县三轮町的大神神社仍以三轮山作为神体。《古事记》记载传说的垂仁天皇沿路占卜到了出云，大国主神祭祀时，将青枝绿叶装饰成山的形状作为神体来拜祭，这个青叶山也就成了祭坛。其后日本较早神社之一的出云神社也许正是由此而来？这仅是一种联想。《日本书纪》还记载雄略天皇诏少子部连螺赢曰：“朕欲见三诸岳神之形。”也就是说，此山之神为大物主神也。又如，山形县出羽的汤殿山神社仍以巨大岩穴作为神体，而大多数祭坛是设在森林中，以树木作为神体，神域是不能没有树木的。
       可以说，日本原始人认为大树、高山、巨岩拥有巨大的生命力，它们的精灵是生命的象征，进而产生了对它们的精灵的信仰。所以，
原初日本祭祀的地方没有修建社殿。日本较早的神社建筑物之一伊势神社，原来也只是伊势地方庆祝农渔业丰收的祭祀的地域。春秋两季举行祈年祭和新尝祭时，就成为迎神从天降临的神域——祭坛。祭祀仪式都在夜间举行，祭祀完毕，将一切祭具、祭品打碎埋在神（40页）域里，神也回归自己的居处高天原。可以说，这种原始神道没有为神灵而修筑固定建筑物，神域就是神社最古老的形式。所以，原始
神道也称神社神道。这种在神域里没有设置象征神灵的固定崇拜偶像，表明神道信仰的对象是观念神——神的精灵，并把神灵的作用、力量、观念等神格化、多神化。至此日本先人对自然、性欲的个体感情的表现，自咒语、咒歌起，发展为共同体的共同感情的表现，与宗教信仰、祭祀结合而存在于实际生活中。
       从三轮山的南麓、西麓由巨石组合成磐座，上面置有滑石制玉类和土制祭器等物来看，表明当时先人们是将三轮山山体作为神体
来祭祀的。这里还有这么一个民间传说：一个在近畿盆地山麓一带开垦水田的大豪族在三轮山祭祀蛇神。每晚三轮山神都会来到这豪族的女儿身边，结果女儿怀了孕，产下的儿子就成了三轮氏的先祖。也就是说，三轮山神就是经营水稻农业的大豪族的祖先神，这是近似神话故事的民间传说。类似这种以三轮山作为神体的遗迹相当多,规模有大有小，在富士山、浅间山、茨城山等山麓都有类似的祭祀遗迹。出羽的汤殿山神社则以喷泉的巨岩作为神体来祭祀。此外，在海岸边和岛上还发现了祭祀海神和岛神的遗迹，有代表性的是玄界滩的孤岛、宗像神社的冲津宫等。还有 8 世纪的《万叶集》中,将原始神社训读作“δ”（森)，即森林，充分表明原始信仰曾以树木作为神体来祭祀。日本学者梅原猛就说：“神圣的地方不能没有森林。这是为什么呢？那还是由于绳纹时代以来日本人信仰的缘故。绳纹土器的纹样表明了什么呢？那是表明对树木精灵的信仰。没有任何东西能具有像树木那样巨大的生命力。树木的精灵是生命的象征。”他以这一事实来论证“（绳纹人）大概是想把树木的精灵、生命力化为自己所有，而且树木也是神所附体的地方”（梅原猛:《森林思想——日本文化的原点》(中译本)，中国国际广播出版社1993 年版，第22 页）。
       可以说，以自然灵和精灵为对象的祭祀，在绳纹文化时代开始就成为一种仪式，最先萌生了自然崇拜、万物有灵的原始信仰。这（41页）是日本原生宗教的缘起，也是日本文化的原点，日本学者一般称为“森林文化”或“森林思想”。由此可见，日本先人的原始信仰，最初是以森林为主，以山和巨岩等自然物为对象的，他们以为自己的种种愿望，可以通过人对自然界和自然界对人的相互交流和感应作用而实现。
       日本土著原始神道的特征之二，是对生殖器的崇拜。从绳纹.弥生时代的遗址可以发现，有象征男性生殖器的石棒，有特别突出女性生殖器和乳房的土偶，这是一种生命力的象征。还有发现阴阳石和男女二体石，大概是代表男女结缘的神，它显示出一种神秘的创造力，原始人对自然和人的生产力的关心，也展示出原始人的精神生活面貌。还有陪葬物——原初的人神同形土偶，含有咒术的意味，可见日本先人开始对死灵有了朦胧的认识。但关于石棒，日本学者八幡一郎另有一种推测，他认为：“石棒分布在住居址内，往往是一种几乎没有经过加工的细长的自然石，推测这与信仰无关，可以认为是酋长或祭司等身份或权威的象征。而小型的石棒，一端或两端成块状，并施以线刻装饰，可能是一种武器，或是酋长、祭司的指挥杖。”（八幡一郎:《先史及原始的文化》，收入家永三郎等编《日本文化史》(一)，筑摩书房 1965—1966 年版，第228—229 页）
       一些日本学者根据这一时代出土的土偶以女性土偶为主进行分析，当时是属母系社会，女性有生产能力，具有天地始创的灵力,同时女性擅长咒术，女巫不仅主宰着这一文化时代的原始宗教生活，而且还支配着这一时代的原始社会文化生活，处于原始社会的统治地位。这种女性土偶大概还含有地母神信仰的要素，即将它们作为偶像、神像来礼拜的对象物。可以说，这是表现先人们对大地的一种期待。（上田正昭：《时代区分与文化特质》，收入日本史研究会编《日本文化史》，三一书房 1978 年版，第20页。八幡—郎:《先史及原始的文化》，收入家永三郎等编《日本文化史》（一)，筑摩书房 1965—1966 年版，第230 页）