马拉加的光复

斐迪南和伊莎贝拉随后奔向下一个富饶的目标，即海港和要塞城市马拉加。他们知道，这将是本次战争最重要的战役，因为这个海港是格拉纳达的穆斯林与地中海其他地区的穆斯林之间的关键联系纽带。马拉加可能也是最难对付的单一目标，因为它包含三座要塞。如果他们能占领马拉加，那么内陆城市格拉纳达就是瓮中之鳖了。斐迪南于5月6日抵达马拉加，伊莎贝拉两周后抵达。当时有报告称，马拉加爆发了瘟疫。女王在此刻赶到，足以证明她夺取这座港口城市的坚定决心。两位君主在城门外建立了帐篷营地。
首先他们尝试劝降，之前有不少摩尔人城镇是这样投降的。他们发出警告，如果穆斯林不投降，就会被奴役。撒加尔已经离开了前线，所以斐迪南和伊莎贝拉告诉守军，他们不大可能得到格拉纳达其他穆斯林的支持。但守军坚决拒绝谈判。于是斐迪南和伊莎贝拉对城市开始了严密的包围封锁，打算用饥饿迫使居民屈服。
炮击开始了。城市被围攻了漫长的三个月。粮食越来越少，居民开始饿死。卡斯蒂利亚军队的士气也低落下去，有士兵逃跑。马拉加的穆斯林指挥官威胁，如果卡斯蒂利亚人不撤军，他就杀死城内的600名基督徒俘虏。斐迪南的答复是，如果基督徒奴隶受到伤害，他就“把西班牙的穆斯林杀个精光”。
城市最后投降了，但残酷的战斗让两位君主变得铁石心肠，对居民施加了惩罚。
马拉加的所有幸存居民都成为国王和女王的财产。女奴被送给基督徒贵妇。教皇获赠100名奴隶。红衣主教门多萨得到70名。马拉加的犹太人被允许保留自己的财产，但必须缴纳约1万金卡斯特亚诺的赎金，否则将被强制迁走。大法官和拉比亚伯拉罕·塞尼奥尔（伊莎贝拉儿时在塞哥维亚的朋友）筹集并支付了所有犹太人的赎金。没有人愿意帮穆斯林付赎金。被俘的大约5000人中，约4000人成为奴隶。
清真寺被改为教堂。600名基督徒俘虏和龙达的奴隶一样憔悴干瘪，得到解放，获得食物，被悉心照料，恢复了健康。