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基督教化一方面意味着教会就是一个复杂而独特的群体，另一方面意味着在作为社会组织的教会与帝国权威之间存在一种公共法律联系。在5世纪初期，拜占庭教会组织已经笼统的表现出其确定的特征。其行政划分依帝国的行政区划而定，在各大城市由主教主持，而在各行省首府则由都主教来主持。381年的君士坦丁堡大公会议创立了牧首制，而后罗马、君士坦丁堡、亚历山大、安条克和耶路撒冷主教区，凭借他们在基督教史上的显赫地位被推到突出位置上，至于君士坦丁堡教区则由于与皇帝的关系而迅速崛起。每一位大主教都在帝国的特定地域行使管理权。451年的察尔西顿会议再次认同了该制度，并将君士坦丁堡教区和罗马教区置于平等地位。牧首制在6世纪逐渐完善成熟。君士坦丁堡大教长自称为“普世牧首”，并在日后的政治和外交事务中扮演了至关重要的角色。教区主教以城市为驻节地，管辖控制乡村主教，让他们负责管理乡村地区，尤其是较大的村庄设立的教区。主教之下，有神父专门为城市和乡村的教堂服务。在碑文以及其他文献中，主教的名字经常出现在乡村贵族中。
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所有这些人组成了教会的教士阶层，既包括城市的又包括乡村的神职人员。就维持教会生活的方式而言，教会财产、教士个人财产以及二者之间的关系问题，自君士坦丁大帝承认教会的合法地位以来一直不断显示出其重要性。有一些理想主义者告诫教士们不要陷入雇佣的泥沼，而要听从神的召唤并为之生存，一如古代犹太教士一样服务于神庙。



基督教的精神帝国此时正在逐渐扩大，拜占庭对教会的大力支持不断加大主教的权力和教会对世俗的影响。牧首制的成功更大的表现在一个地区内教会的影响开始与政府同样大甚至高于后者。教士阶层也由特权阶层向贵族阶层转变，这一时期的精彩之处表现在人们对教会的尊敬已经超越了现世的政府机构。