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以前人们都认为线粒体DNA完全是由母亲遗传下来的。精子的线粒体即便是进入了卵子中，以后也不会增加，所以出生的个体拥有的线粒体几乎全都是从母亲那里继承过来的。因此。遗传学学者们都按照母系遗传这条规则对线粒体DNA进行分析，这时推算进化的速度是很有帮助的。

但是，在1991年，某个研究小组发表了具有冲击性的研究结果。该小组让两种鼷鼠进行交配，结果在生下来的鼠仔体内发现了虽为数不多但确实存在的、父亲方面遗传下来的线粒体DNA。这篇颠覆了以往常识的论文受到了极大的关注。从此，研究者们开始绞尽脑汁思索线粒体DNA是否真是单性遗传。最近这个问题终于得到了解决。

总之，结果就是这样的。同种之间交配的时候，父亲方面的线粒体DNA和精子一起进入到卵子中，但经过一段时间后就会消失掉，恐怕是被卵细胞中的多胞体消化掉了吧。总之生下来的幼仔不会继承父亲的线粒体DNA。但是，异种之间交配的时候，父亲方面的线粒体DNA不会消失，在出生的个体里含有大约56％的父亲的线粒体DNA。