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赵树凯指出，“当前中国乡村冲突正在呈现新的特点：首先，冲突的发生主题已经明显地转换为农民和基层政府，而主要不是乡村内部农户之间、村社之间的资源利益纠正；其次，冲突过程中农民的组织方式已经越来越具有现代特色，新型的农民利益表达组织和表达渠道正在萌生，传统形式有所褪色；第三，体制内抗争（如上访请愿）依然是农民的主导行为特征，但是，体制外行动（如暴力抵抗）也明显增加。在这种新的情景下，冲突研究可以炒年糕两个角度展开，一是农民的角度，二是基层组织的角度。”根据这种思路，他从农村组织的角度进行了研究和分析，并认为，“冲突的主要起源于基层组织对农村社会经济发展的不适应，组织本身正在衍生出一种对于乡村社会的掠夺性，化解乡村冲突，改善治理的核心环节是改造基层组织”。