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“三同时”制度确立的背景是计划经济体制。在计划经济体制下，企业都是国有企业或集体企业，国家可以通过行政指令让每一个企业都“三同时”。此外，在计划经济体制下，征收排污费不会对企业产生激励效应，因为企业的钱就是国家的钱。企业处于国家强势的计划调控下，自然不得不遵守“三同时”的规定，从而达到环保目标。

然而，在市场经济条件下，在排污费制度已经建立、“污染税”也已经进入最高决策层视野的背景下，“三同时”显然就过时了。在市场经济体制下，只要排污费、排污税或者总量控制目标设计合理，环保部门监管到位，即使不要“三同时”，同样能实现环保目标。如果监管不到位，哪怕企业一开始通过了“三同时”验收，污染防治设施也难免成为摆设。