1985年首届“交叉科学学术讨论会”之后，交叉学科的研究在国内开始如火如荼地展开。从总体上看，关于交叉学科的研究主要是通过各种交叉学科的研究机构和相关科研院所来进行的。
1986年，中国科协成立了“促进自然科学和社会科学联盟工作委员会”，由钱三强任主任。
1987年8月5日，由华中理工大学、安徽师范大学、安徽工学院、天津师范大学、中国科技大学、北京师范大学、辽宁师范大学、武汉水利电力学院、江西师范大学、华中农业大学、台州教师进修学院等40多所院校共同发起的“全国高校交叉科学研究联络中心”成立，该“中心”当时设在天津师范大学，各校设联络员，中心主任为刘仲林。联络中心的目标有两个：一是加强不同学科间的交流和合作，促进新兴交叉学科和跨学科发展；二是加强对跨学科（包括交叉科学）现象的整体规律和方法研究，建设和发展中国的“跨学科学”。自1987年后，我国开始进入交叉科学的系统研究阶段，交叉科学在理论与应用两个领域并行发展。该中心现已与中国科技大学“科技史与科技文明研究”国家哲学社会科学创新基地联合出版了《中国交叉科学》第一卷和第二卷。
1991年8月，由中国科学院科技政策局具体组织，成立了“促进复杂性问题研究联络中心”，该中心主要研究有关国家安全、经济发展、人口控制等方面的问题。与此同时，有不少省、市、自治区，以及高等院校，也召开研讨会和座谈会，全国一些报刊也发表了许多文章，研究和讨论自然科学和社会科学联盟的问题。《哲学动态》1991年第9期发表了《关于自然科学和社会科学联盟的研讨概述》一文，就这些会议和文章讨论的主要问题作了综述。包括的主要问题有：建立自然科学和社会科学联盟的必要性及其战略意义、克服阻碍自然科学和社会科学联盟的旧观念和思想偏见、实现自然科学和社会科学联盟的方法和途径、哲学在实现自然科学和社会科学联盟中的作用等。
1993年11月12日至15日，由全国高等学校交叉科学联络中心，天津师范大学，山西省科委、科协、社科联，山西大学，山西省委组织部人才研究所，太原市科协等单位共同发起的“全国跨学科学术讨论会”在太原召开，这是全国首次以“跨学科”为名称和议题的学术研讨会。来自全国高等学校、科研机构、学术团体和政府部门的代表50多人参加了会议，提交了论文。会议回顾了近10年来我国跨学科研究的状况，对跨学科领域目前面临的理论和实践问题进行了热烈的讨论。
1999年3月，上海市跨学科工作室（现成为上海市跨学科课程研究所）正式成立,该工作室主要负责中学教育的跨学科课程网和课程建设的规划、组织、实施工作。目前工作目标为：理论研究，课程研究，教育研究以及建设“示范性、实验性基地”。
2000年9月20日，“中国科学院自然与社会交叉科学研究中心”成立。交叉科学中心的目标是力争在认识和解释“自然、经济、社会”复杂系统的过程中，推动理论、方法和体系的创新，以科学前沿的现代社会物理学为先导，培育新的学术生长点。交叉研究中心的主要研究方向有：战略研究（包括可持续发展战略研究和国家发展战略研究）、国情与公共政策研究、金融与管理科学研究、创新政策研究。至今研究中心已资助研究、出版了《2001年中国可持续发展战略报告》《2001年科学发展报告》《20年高技术发展报告》《中国国情研究报告》《中国区域发展报告》等5个报告。
2002年3月，中国科学院上海交叉学科研究中心正式成立。该中心是中科院知识创新工程试点全面推进阶段首批启动新建的非法人研究单位之一，挂靠中科院上海生命科学研究院，实行理事会领导下的主任负责制，设立学术委员会作为理事会的高级学术咨询机构。交叉学科研究中心主要围绕生命科学的多学科交叉的前瞻性和战略性问题开展理论研究，涉及的主要学科包括生命科学和非生命科学，如数学、物理、化学、信息科学等。
2002年5月14日，在中国科学院、国家基金委和中国科技大学的大力支持下，中国科技大学交叉科学理论研究中心正式成立。该中心以理论物理、基础数学和宇宙学三学科交叉的理论研究为基础，主要研究方向是弦/M-理论及相关课题。
2003年4月15日，浙江大学跨学科社会科学研究中心成立。该中心的宗旨是利用学科交叉综合优势，积极创新人文社会科学研究的观念和方法，形成语言学与心理学结合、艺术学与材料科学结合、教育学与脑科学结合等有特色的研究方向和领域。目前，该中心研究领域主要有科学与自然、脑与认知科学、行为博弈等方面。
2003年9月29日，北京自然科学界和社会科学界联席会议正式成立。联席会议聘请王大珩、龚育之等40多位两界著名专家学者为顾问，并决定每年5月围绕自然科学和社会科学工作者共同关注的，首都发展中带有全局性、战略性和前瞻性的问题，集中举办一次较大型的、高水平的“两界高峰论坛”活动，从而推动北京市自然科学界与社会科学界专家学者之间的交流与合作。
2006年4月4日，北京大学前沿交叉学科研究院举行成立大会。前沿交叉学科研究院的研究机构由若干跨学科研究中心或研究所组成，初建时期的研究中心有：生物医学跨学科研究中心、理论生物学研究中心、功能成像研究中心等。
此外，大连理工大学人文学院下属的科学技术学研究所也是进行交叉科学研究的一个专门机构，该所拥有科学学与科技管理学科博士点，也是目前全国高校中唯一的科学学与科技管理博士点，同时拥有管理科学与工程、区域经济两个硕士点；并且该所在高新技术产业园区建设、技术创新体系与管理、科学技术知识体系、科技与可持续发展以及科学计量学等方面形成了自己的特色和优势。该所在交叉科学领域成果颇丰，论文如《交叉科学:两大知识板块的交融》《交叉学科、交叉科学及其在科学体系中的地位》等，并出版了《交叉科学结构论》等专著。
除了专门从事交叉科学学研究的机构外，我国对于具体交叉科学的研究还通过全国性的交叉科学学会的形式取得建制形式。在中国科协下属的167个全国性学会中，涉及交叉科学的全国性学会有40个，其中从1978年到1989年，处于自然科学与社会科学结合部的有30个。从1978年到1980年，建立的交叉科学学会包括技术经济研究会、管理现代化研究会、未来研究会、科技情报学会、现场统计研究会、工业设计协会等，涉及的交叉学科为技术经济、管理学、未来学、情报学、统计学等。从1980年至1989年，新建的交叉科学学会多达19个，其中包括科学技术史学会、系统工程学会、自然辩证法研究会、国土经济研究会、优选法、统筹法与经济数学研究会、科学学与科技政策研究会、城市科学研究会、继续工程教育协会、知识产权研究会、土地学会、科学探险协会等；涉及的交叉学科十分广泛，如科学技术史、系统科学，科学哲学、国土经济学、经济数学、科学学、城市科学、工程教育学、科学法学、土地科学等。整个20世纪80年代，是我国交叉科学的黄金时期，有关学会迅速涌现，交叉科学的社会建制化进程大大加快。进入90年代后，我国交叉科学学会增长的速度远远小于80年代。从我国交叉科学学会的成长历程和各交叉科学的产生来看，在70年代，交叉学会的发展与交叉学科的建立是同步发展的，交叉科学学会产生的过程也是相应的交叉学科形成的过程；其中80年代是交叉科学发展的高峰期，对应的交叉科学学会在这个时期也占据了主要数量；进入90年代以后，新的交叉科学学会的数目远远小于80年代，这个时期我国交叉科学处于巩固阶段，各门交叉科学向纵深发展，交叉科学也逐渐走向成熟。
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