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一、宣政院的建立
宣政院，是元朝廷管理佛教（喇嘛教）和「吐番」（西藏等地）地区事务的全权机构。它在元朝廷的行政管理机构中地位很高。
元初，元朝中央政府中，主要有四大权力机构：1. 中书省—管理全国行政事务；2. 枢密院—管理全国军事事务：3. 御史台—管理全国监察事务；4. 总制院—管理全国佛教（喇嘛教）事务和「吐番」地区军事、行政事务。
至元初，设立总制院，管理全国佛教事务和西域地区事务。1289年（至元二十五年）十一月，「吐番」地区民族和宗教首领来朝觐时，忽必烈在宣政殿接见，故改总制院为宣政院。「至元初，立总制院，而领以国师。二十五年，因唐制吐番来朝见宣政殿之故，更名宣政院。」
总制院改称宣政院后，主要职权仍没有变更。由此可见，宣政院在元朝政权中的重要性。
宣政院的主要职责：「掌释教僧徒及吐番之境而隶治之。于吐番有事，则为分院往镇，亦别有印。如大征伐，则会枢府议。其用人则自为选，其为选则军民通摄，僧俗并用。」因此，宣政院的主要任务是：第一，元代统治「吐番」，河西等地区的全权机构，院内官吏、僧俗并用；第二、管理喇嘛教事务，处理喇嘛教同其它方面的有关事务，第三、全权处理「吐番」、河西等地区的「大征伐」等重大问题；第四、管理全国佛教事务。该院一直延续到元代末年，没有变更，而且权力逐渐扩大，几乎成为隶属于皇帝，由皇帝直接掌管的机构。遇有重大事情，皇帝亲自过问，或由该院直接呈报皇帝核示。

二、宣政院的官吏
宣政院的首领，是历代朝廷授封的「帝师」担任。皇帝还委任院使二人，全权主管该院。其院使必须有一个高级大臣兼任。第一任院使，就是尚书右丞相桑哥兼任。另一名院使，必须由「帝师」推荐的喇嘛教高级僧人担任。「宣政院，其为使位居第二者，必以僧人为之，出帝师所辟举。」设置掌管该院事务的主要官员有：院使二人，从一品；同知二员，正二品；副使二员，从二品；佥员二员，正三品；同佥三员，正四品；院判三员，正五品；参议二员，正五品；经历三员，从五品；都事三员，从七品；照磨一员，正八品；管勾一员，正八品。这些官吏分别主持日常工作。在院使以下的官吏中也实行严格按「僧俗并用」的原则。主要官吏定额，1289年（至元二十五年）改总制院为宣政院时16员。以后历代都有所增加，至1329年（天历二年）增加到31员。

三、宣政院所属机构
为了协助宣政院具体管理「吐番诸族之事」，在西藏、西南、西北和青海、甘肃等地区设立了「都元帅府」、「元帅府」、「招讨使司」、「安抚使司」、「万户府」、「总管府」、「千户府」等机构，约有60处，隶属宣政院管辖。这些机构在宣政院领导下，分别管理该地区的政治、军事、经济及宗教事务，是宣政院在这些地区的全权代表机构。
这些机构的等级，据《元史》记载：
　宣慰司都元帅府——秩从二品
　元帅府——秩从二品
　招讨使司——秩正三品
　安抚使司——秩正三品
　总管府——秩正三品
　万户府——秩正三品
　千户府——秩从五品
在京都、行省、路道设置宣政院分设机构。
　大都规运提督所——秩正四品
　上都规运提督所——秩正四品
　上都利贞库——秩从七品
在各省、路、道，如河东山右道、辽东山北道、河南荆化道、西淮江北道、湖北湖南道、浙西江东道、浙东福建道、江西广东道、广西西海道、燕南诸路、山东诸路、陕西诸路、甘肃诸路、云南诸路等16处，设有规运提点所、总管府、崇教所之类机构，管理各地宗教事务。
在大都、上都及各地宣政院直属管辖的一些大寺庙中，分别设有总管府、营缮司、营缮都司、规运提点所、财用规运所，提举司等机构。这些机构的主要任务是：管理各地各寺庙的建筑修缮工程、工匠艺人，征收「房课」，供给寺庙祀费用和僧侣的衣食钱粮等寺庙事务。根据各大寺庙的规模和在朝廷中的不同地位，授予的等级、品位、权限有所不同。如总管府「品位」，一般是「秩正三品」，提点所、营缮司、都司「品位」，一般是「秩正四、五品」。提督所、财运所「品位」，一般是「秩从五—七品」如：
　隆缮总管府——秩正三品
　会福总管府——秩正三品
　崇祥总管府——秩正三品
　寿福总管府——秩正三品
　隆祥使司——秩正三品
　普安智全管缮司——秩正五品
　仁王营缮司——秩正五品
　普明营缮都司——秩正四品
　护圣营缮司——秩正五品
　会福财用所——秩从七品
　织佛像提举司——秩从五品
根据这些机构的品位等级，所授权限和任务，委任达鲁花赤、副达鲁花赤、总管、副总管、司令、大使、副使、提举、同提举、副提举、提领、同知、治中、府判等各级官吏，分别管理各种事务。