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新宮寺本を見るとその構成は、やや複雜である。金剛寺本等の「国有仏牙長可寸余」のうち、「国有」と「仏牙長」、「寸余」の各々の間に、「大」と「明及大毗婆沙王愍遠及至給事手十人共給写之」をそれぞれ挿入し、「僧勝奘就学俱舎順正理因明聲」を傍書した形をとっている。
このような特色から考えると、新宮寺本の祖本には傍書があり、転写の過程でその一部が、本来の文章構成を離れて、ばらばらに本文化されていったとみられる。また、現在の新宮寺本に残る傍書は、本来の傍書が本文化せずに残存したものか、傍書を本文化した内容に欠落があり、親本から、または別本から傍書注記がなされたのなのかなどいくつかの可能性が考えられるが、定かではない。