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1984年，D.C.Schwartz和C.R.Cantor发明的脉冲电场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,简称PFGE)技术，可以成功地用来分离整条染色体这样的超大分子量的DNA分子。在常规的琼脂糖凝胶电泳中，超过一定大小范围的所有的双链DNA分子，都是按相同的速率迁移的。这是因为它们在单向恒定电场的作用下，仅以“一端向前”（end-on)的方式游动穿过整个胶板。而在脉冲电场中，DNA分子的迁移方向是随着所用的电场方向的周期性变化而不断改变的。在标准的PFGE中，头一个脉冲的电场方向与核酸移动方向成45°夹角，而下一个脉冲的电场方向与核酸移动方向在另一侧亦成45°夹角（图2-3）。由于加压在琼脂糖凝胶上的电场方向、电流大小、及作用时间都在交替地变换着，这就使得DNA分子能够随时地调整其游动方向，以适应凝胶孔隙的无规则变化。与分子量较小的DNA分子相比，分子量较大的DNA分子需要更多的次数来更换其构型和方位，以使其可以按新的方向游动。因此，在琼脂糖介质中的迁
移速率也就显得更慢一些，从而达到了分离超大分子量DNA分子的目的。已报道，应用脉冲电场凝胶电泳技术，可成功地分离到分子量高达10^7bp的DNA大分子。