误解的澄清

这本书澄清了一直以来教材和偏见造成的几个误解。
关于“进化”的误解。对于这个误解的澄清贯彻全书，比如古尔德在第3节“达尔文的难题：进化的艰苦历程”中，通过追溯达尔文的“经过改变的继承”如何演变成为“进化”一词，向读者澄清“进化”并非其字面意思，生物进化并不等于进步。事实上，生物的变化方向是随机的，变异的产生也是随机的，生物的变化只能导致其更适应所生活的环境，而非抽象的、理想的进步，也绝无高等、低等一说。达尔文提出的“改善的结构和功能”并非字面意义的“改善”，而是“面对直接的局部环境具备更好的结构和功能”，局部环境不断变化，没有好坏高低之分，生物的更为适应也并不意味着结构必然复杂化。科学家们为了简练而选择了“进化”一词，事实上造成了对于“进化论”的严重误解，并由此产生了人类是进化的高等产物这一自以为是的观点。
对于“科学”的误解。古尔德提出，科学并不是机械地收集事实和归纳出理论，而是一种复杂的过程，包括了直感、先见和其他领域的启迪。有时候，面对大量的事实，科学家们囿于当时的社会环境和自我认知，会选择视而不见，一种事实可能先后被用于解释两种对立的理论，仅仅因为社会认知发生了变化。有时候，科学的产生并非直接来源于事实，而是根据现有事实、原有理论、方法论假定和哲学倾向综合而成的新的理论。“在旧的理论指导下，以旧的框架收集的新事实，很少能导致思想的实质改变。事实并不讲述他们自己，事实是按照理论解读的。创造性思想，在科学中和在艺术中一样，是改变观念的动力。”
同样的，偏见有可能以“科学”的形式通过大量“事实”得以表达，比如生物学决定论，这是古尔德专章抨击的理论，古尔德认为，选择生物学决定论解释人类社会中的问题，只不过是推卸责任。古尔德对于“科学”的澄清，对于自然科学者不能不说是一个警醒。
对于“宗教与科学的关系”的误解。我们常常认为宗教与科学完全对立，古尔德却向我们揭示出了真实情况。“宗教与科学的实际关系要复杂得多，而且是变化的。通常情况下，宗教积极地鼓励科学。如果说科学有什么一贯的敌人，那就是非理性主义。”宗教所扮演的专断形象也并非总是真实，事实上，科学也迫害过不同意见者，“并且试图将科学的权威拓展到科学无能为力的道德领域”。
同时，古尔德的书还向我们展示了批判思考和辩论的重要性，他在书中多处驳斥了某些科学观点，从逻辑分析的角度，虽然作为行外人不能理解得很明白，但这样的分析方式确实值得我们借鉴。尤其是对于社会科学而言。