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现在，也发现有少数的真核基因并不存在间隔序列。编码α-干扰素和β干扰素的基因，以及编码组蛋白的基因和大多数酿酒酵母的基因就是属于这样的例子。通过重组DNA技术，同样也可以人为地产生出没有间隔子的哺乳动物基因，因此可以用来检测这些间隔子究竟具有什么样的功能效应。考虑到间隔子RNA和表达子RNA的相关数量，有人认为间隔子的存在完全是一种浪费。特别是有些基因，其间隔子被全部移去之后，对基因正常功能的发挥并不会造成什么影响，照样可以转录成完全有活性的mRNA转录本。然而也有些基因，例如SV40的T抗原基因，当它们的天然间隔子被移去之后就会阻断功能mRNA从细胞核进入细胞质。P.Leder也发现，如果小鼠的β-珠蛋白基因中的间隔序列遭到了破坏，基因的真正信息就不能从细胞核输送到细胞质。还有少数例子表明、间隔子的存在会增加基因的编码能力，这种情况在病毒中较为普遍。